Sono organi di ITACA, secondo quanto disposto dall’art.13 dello Statuto:
Il Consiglio Direttivo è l'organo di indirizzo politico di amministrazione e gestione di ITACA (art.21 Statuto).
La durata del mandato del Consiglio Direttivo, secondo quanto disposto dall’Assemblea dei Soci, è di tre anni (art.19 dello Statuto).
Il Presidente di ITACA è nominato dalla Conferenza delle Regioni e delle Province autonome, che ne determina anche il mandato, e scelto tra i Presidenti o Assessori delle Giunte regionali (art.22 dello Statuto).
Anna Casini è il Presidente di ITACA in carica designata dalla Conferenza delle Regioni e delle Province autonome il 24 settembre 2015.
Il Presidente, i membri del Consiglio Direttivo, del Collegio dei Revisori e del Comitato tecnico scientifico, non percepiscono alcuna remunerazione in dipendenza della loro carica.
Giuseppe Rizzuto è il Direttore di ITACA, secondo quanto disposto dall'art.4 del Regolamento di organizzazione interno (compenso annuale)